좋은 결과를 위한 요청 방법

자연어로 자유롭게 요청할 수 있지만, 다음 요소를 함께 전달하면 더 정확하고 빠르게 원하는 결과에 도달합니다.

목표와 작업 유형을 분명히 합니다

무엇을, 무엇을 위해 예측하거나 설계하려는지 적어 주세요. 작업 유형이 분명할수록 의도에 맞는 결과로 바로 이어집니다.

시작 서열은 직접 붙여넣거나 이름으로 지정할 수 있습니다

두 방식 모두 동작합니다. 서열을 알고 있으면 그대로 붙여넣고, 모르면 단백질 이름으로 지정하면 표준 서열을 찾아옵니다.

• 서열 직접 입력: "아래 작은 도메인의 접힌 구조를 서열만으로 예측해 주세요. MTYKLILNGKTLKGETT…"

• 이름으로 지정: "Human carbonic anhydrase II의 서열로 3차원 구조를 예측하고, catalytic zinc site이 어디인지 알려 주세요."

복합체는 구성을 구체적으로 지정합니다

어떤 분자가 몇 개, 어떤 형태로 결합하는지 명시할수록 정확합니다.

• 각 사슬을 별개로 유지: "서로 다른 단백질 사슬들입니다. 각 사슬을 별개로 유지한 채 조립해 복합체 구조를 예측해 주세요."

• 올리고머 구조 명시: "이 서열은 동일한 서열의 또다른 chain과 함께 parallel coiled coil을 이룹니다. Monomer가 아니라 dimer로 예측해주세요."

• 리간드는 SMILES로: "포켓에 결합한 포즈를 예측해 주세요. 리간드 SMILES(acetazolamide): CC(=O)Nc1nnc(s1)S(N)(=O)=O"

• DNA는 single-strand/double-strand를 명시: "이 DNA 결합 단백질이 다음의 이중가닥 DNA에 결합한 구조를 예측해 주세요. DNA 가닥: 5'-CGGGTAATTACCCG-3'"

디자인은 4가지 정보를 함께 줍니다

단백질·펩타이드·항체 디자인은 타깃, 생성할 약물 수, 시퀀스 길이, 결합 위치가 필요합니다. 빠뜨리면 작업 시작 전 설문으로 다시 물어보므로, 처음부터 함께 적으면 한 번에 진행됩니다.

• "PD-L1에 결합하는 단백질 미니바인더를 설계하고, 결합체와 타깃 복합체의 서열과 예측 구조를 함께 제시해 주세요."

• "EGFR 세포외 도메인의 특정 부위를 겨냥하는 나노바디를 설계하고, 후보 서열과 예측 복합체를 제시해 주세요."

정확도를 높이는 추가 정보

• 참고 구조 첨부 — 알려진 Apo Structure나 템플릿 구조 파일(.pdb, .cif)을 첨부하면 템플릿으로 활용해 정확도가 올라갑니다. 파일이 없으면 서열 기반으로만 예측합니다.

• 결합 부위 힌트 — 특히 항체-항원 복합체는 가장 예측이 까다로우므로, 알려진 에피토프, framework 구조, CDR 길이 범위 등을 함께 지정하면 예측의 신뢰도가 높아집니다.

• 파일·Context 활용 — 파일은 한 번에 최대 1GB, 20개까지 첨부할 수 있고, Library의 결과 파일은 최대 20개까지 프롬프트에 Context로 추가해 다음 작업의 입력으로 바로 쓸 수 있습니다.

평가 기준과 다음 행동을 함께 요청합니다

예측만 받기보다 어떤 지표로 어떻게 선별할지를 함께 요청하면 결과를 바로 활용할 수 있습니다.

좋은 요청 예시 "링커만 다른 SMARCA2 분해제 3종이 있습니다. 각각이 VHL과 이루는 삼중 복합체를 예측하고, 어느 구조에서 분자 간 계면의 상호작용이 가장 강할지 분석해주세요.."