# 전체 기능
3D 뷰어의 모든 기능에 대해 설명합니다.
### 1. Fold All
메뉴를 접습니다. **Fold All / Unfold All** 기능을 통해 모든 메뉴를 한 번에 접거나 펼칠 수 있습니다.
### 2. Binding Pocket Display
2-1. **결합 부위에 표시할 원자 및 잔기 설정**\ 결합 부위에서 시각화할 구성 요소를 선택할 수 있습니다. 각 항목의 체크 여부에 따라 화면에 표시되는 정보가 달라집니다.
2-2. **Surface near Clipping**\
관심 영역으로 정의된 표면에만 렌더링을 제한하는 컴퓨터 그래픽 기술입니다.
2-3. **Surface radius Clipping**\
사이드체인의 반경을 기준으로 렌더링을 제한하여 결합 부위의 표면 영역을 정의하는 컴퓨터 그래픽 기술입니다.
2-4. **Surface opacity**\
결합 부위의 표면을 보고 싶을 경우, 슬라이더를 50% 이상으로 이동시키면 표면이 표시됩니다. 이 기능은 분자 간의 반발 관계(repel)를 시각적으로 확인할 때 유용합니다.
2-5. **Pocket radius**\
분자를 기준으로 설정되는 결합 포켓 반경입니다. 기본값은 5Å이며, 해당 거리 내의 상호작용 을 확인할 수 있습니다.
### 3. Interaction Entities
3-1. **Receptor-Ligand**\
수용체와 리간드 간의 상호작용을 표시합니다.
3-2. **Ligand-Ligand**\
리간드 간의 상호작용(intermolecular interaction)을 표시합니다.
3-3. **Receptor-Receptor**\
수용체 내부에서 발생하는 잔기 간 상호작용을 표시합니다.
3-4. **Ligand-Water**\
리간드와 물 분자 간의 상호작용을 표시합니다. 물 분자가 시스템 내에 존재하는 경우에만 적용됩니다.
3-5. **Receptor-Water**\
수용체와 물 분자 간의 상호작용을 표시합니다. 물 분자가 시스템 내에 존재하는 경우에만 적용됩니다.
### 4. Interaction Types
4-1. **Covalent**\
공유 결합(covalent interaction)을 표시합니다.
4-2. **Clash**\
잔기와 리간드 간의 충돌(clash)을 표시합니다.
4-3. **VdW (van der Waals)**\
반데르발스 상호작용을 표시합니다.
4-4. **Hydrogen bond**\
수소 결합을 표시합니다. \
기준값:
$$
r\ \ \le\ \ r\_{HB}\ = 0.34\ nm
$$
$$
90^o\ \le\ \alpha\ \le\ 180^o
$$
4-5. **Weak hydrogen bond**\
약한 수소 결합을 표시합니다.
$$
r\ \ \le\ \ r\_{HB}\ \ = 0.38\ nm
$$
$$
90^o\ \le\ \alpha\ \le\ 180^o
$$
4-6. **Ionic**\
정전기적 결합(Electrostatic bond, salt bridge)을 표시합니다.
e.g.) GLU-LYS
4-7. **Metal**\
단백질 내 금속 원자와 분자 사이의 상호작용을 표시합니다.
4-8. **Hydrophobic**\
소수성 상호작용을 표시합니다. 이는 van der Waals 상호작용의 한 형태이며, 분자의 소수성 부분과 단백질의 소수성 잔기 사이의 상호작용을 나타냅니다.
4-9. **Cation-Pi**\
Cation-Pi 상호작용을 표시합니다. 분자의 양전하 부분과 방향족 고리(TYR, PHE, TRP)를 가진 잔기 사이 또는 양전하 잔기(ARG, LYS)와 방향족 고리 사이의 상호작용을 시각화합니다.
4-10. **Pi-Pi**\
Pi-Pi 상호작용을 표시합니다. 분자의 방향족 고리와 방향족 잔기(TYR, PHE, TRP) 사이의 상호작용을 나타냅니다.
### 5. Binding Pocket Residue
5-1. **Structure Type**\
잔기의 표시 방식입니다. Stick 또는 Ball and Stick 형식 중 선택할 수 있습니다.
5-2. **Structure Stick Radius**\
막대기의 굵기를 조절합니다. 슬라이더를 사용하여 더 두껍거나 얇게 조정할 수 있습니다.
5-3. **Label Type**\
아미노산 잔기 표기 방식입니다. 1글자(1-letter) 또는 3글자(3-letter) 형식 중 선택할 수 있습니다.
5-4. **Label Size**\
라벨의 크기를 조절합니다.
5-5. **Label Color**\
라벨의 색상을 검정 또는 흰색으로 설정할 수 있습니다. 다크 모드에서는 자동으로 조절됩니다.
5-6. **Background**\
라벨 배경의 형태를 설정합니다. 없음(None) / 테두리 사각형(Hollow rectangle) / 채운 사각형(Filled rectangle) 중 선택할 수 있습니다.
5-7. **Background Color**\
라벨 배경의 색상을 검정 또는 흰색으로 설정합니다. 이 역시 다크 모드에서는 자동으로 조절됩니다.
### 6. Protein
6-1. **Type**\
단백질의 표시 형식을 선택합니다.
* **Cartoon**: 리본 구조로 표시
* **Backbone**: 주사슬만 표시
* **Ball and Stick**: 원자와 결합을 공과 막대 형태로 표시
* **Rocket**: 알파-나선 및 베타-시트를 강조한 형식
* **Surface**: 단백질 표면만 표시
* **Hide**: 단백질 구조 숨기기
6-2. **Color by**\
단백질의 색상을 지정하는 기준을 선택합니다.
* **Chain name**: 체인 이름별 색상
* **Residue index**: 잔기 순서에 따른 색상
* **B-factor**: B-factor 값에 따른 색상 (3D structure 단백질에서만 제공)
* **Confidence Level**: 예측 정확도에 따른 색상 (Sequence 단백질에서만 제공)
* **Custom**: Sequence 단백질은 Ligand Display에서 각 object마다 사용자 색상 설정이 가능하며, 3D structure 단백질에서는 공통으로 적용되는 하나의 색상을 설정 가능
6-3. **Hydrogen**\
수소 원자를 표시할지 여부를 설정합니다.
6-4. **Water**\
물 분자를 표시할지 여부를 설정합니다.
### 7. Ligand
7-1. **Structure Type**\
리간드의 구조 표시 형식을 선택합니다.
* **Stick**: 막대 구조
* **Ball and Stick**: 공과 막대 구조
7-2. **Stick Radius**\
막대기의 굵기를 슬라이더로 조정할 수 있습니다. 더 두껍거나 얇게 설정할 수 있습니다.
7-3. **Surface Type**\
리간드 표면 표시 방식을 선택합니다.
* **Hide**: 표면 숨기기
* **Solid**: 단단한 표면 표시
* **Mesh**: 메쉬 형태의 표면 표시
7-4. **Color by**\
리간드 표면 색상을 결정하는 기준입니다.
* **Electrostatic**: Electrostatic 기반 색상
* **Custom**: 사용자 지정 색상
7-5. **Opacity**\
리간드 표면의 투명도를 슬라이더를 이용해 조절할 수 있습니다.
### 8. **Screen Shot**
현재 3D Viewer의 시점에서 보이는 화면을 이미지로 내보낼 수 있습니다.
### 9. **탭 열기/닫기 (Close/Open Tab)**
하단 탭을 표시하거나 숨길 수 있습니다.
### 10. **Fullscreen**
전체 화면 모드로 전환하거나, 전체 화면을 종료할 수 있습니다.
### 11. **Ligand Display**
자세한 내용은 **Ligand Display** 페이지를 참고하세요.
### 12. **Show 2D Diagram**
토글 버튼을 클릭해 2D molecular interaction tab을 확인할 수 있습니다.
### 13. **2D Ligand View**
선택한 Conformer의 2D 구조 이미지를 확인할 수 있습니다.
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