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# Covalent Sequence 타입 단백질 등록하기
## 단백질 등록 (Covalent · Sequence)
Covalent 연구에서는 **Sequence 기반 단백질**을 등록해\
Co-folding을 포함한 보다 유연한 구조 예측과 Covalent 결합 분석을 수행할 수 있습니다.
이 가이드에서는 **Covalent (Sequence) 타입 단백질 등록 방법**을 단계별로 설명합니다.
***
### 1. 단백질 관리 메뉴 진입
1. 상단 메뉴에서 **단백질 관리**로 이동합니다.
2. **단백질 추가** 버튼을 클릭합니다.
3. 단백질 타입 선택 화면에서 Covalent (Sequence)를 선택합니다.
4. **선택 완료** 버튼을 클릭합니다.
이제 Covalent Sequence 단백질 등록 화면으로 이동합니다.
***
### 2. Sequence 단백질 추가 방법 개요
Sequence 타입 단백질은 다음 **2가지 방법**으로 추가할 수 있습니다.
* **방법 1. 단백질 검색하여 체인 추가**
* **방법 2. 체인을 직접 추가**
연구 상황과 보유 정보에 따라 적절한 방법을 선택해 주세요.
***
### 방법 1. 단백질 검색하여 체인 추가
이미 알려진 단백질 정보를 기반으로\
**검색을 통해 체인을 추가하는 방법**입니다.
Gene name, Protein name 등을 알고 있는 경우에 적합합니다.
***
#### Step-by-step
1. **단백질 추가** 버튼을 클릭합니다.
2. 등록 유형을 **Covalent** **Sequence**로 설정합니다.
3. **단백질 검색하여 추가하기** 버튼을 클릭합니다.
4. 추가할 단백질 정보를 입력합니다.\
다음 정보를 이용해 검색할 수 있습니다.
* Protein name
* Gene name
* Organism
* UniProt ID
* PDB ID
5. 검색 결과에서 원하는 단백질을 선택한 후 **다음** 버튼을 클릭합니다.
6. 선택한 단백질에 대해 다음과 같은 **세부 옵션**이 제공됩니다.
* Mutation
* PTM
* Coenzyme
* 기타 구조적 옵션
각 옵션에 대해 **예시 3D 구조**가 함께 표시되며,\
**Ligand가 active compound일 가능성이 높을수록 상위에 정렬**됩니다.
7. 원하는 옵션값을 가진 단백질을 선택한 후 **다음** 버튼을 클릭합니다.
8. 선택한 단백질의 **세부 정보**를 최종 확인합니다.
9. **추가** 버튼을 클릭합니다.
10. 추가된 **단백질 체인 정보**를 확인합니다.
11. **Target residue**를 설정합니다.
* 모든 체인 중 **하나의 Protein 체인에만 설정 가능**합니다.
12. 단백질 이름을 확인한 후 **저장** 버튼을 클릭합니다.
단백질 등록이 완료됩니다.
> 계산이 완료된 후,\
> 등록한 단백질을 활성화하여 AI 실험을 수행할 수 있습니다.
***
### 방법 2. 체인을 직접 추가
단백질의 **Sequence 정보를 직접 알고 있는 경우**,\
체인을 수동으로 추가해 단백질을 등록할 수 있습니다.
커스텀 단백질, 설계된 서열을 사용하는 경우에 적합합니다.
***
#### Step-by-step
1. **체인 추가** 영역에서 **Type**을 선택합니다.
지원하는 체인 타입은 다음과 같습니다.
* Protein
* RNA
* DNA
* Coenzyme
* Inorganic ion
추가하려는 체인의 타입을 선택해 주세요.
2. **Copies** 값을 설정합니다.
* 동일한 체인을 여러 개 추가해야 하는 경우\
Copies 수를 설정해 **하나의 체인 정의로 여러 체인**을 추가할 수 있습니다.
3. 체인 타입에 따라 정보를 입력합니다.
* Protein / RNA / DNA: **Sequence 정보 입력**
* Coenzyme: **SMILES 입력**
* Inorganic ion: **이온 정보 선택**
4. **Target residue**를 설정합니다.
* 모든 체인 중 **하나의 Protein 체인에만 설정 가능**
* Covalent 결합이 형성될 핵심 residue입니다.
5. 필요에 따라 **PTM & Modification**을 설정할 수 있습니다.
* Protein 타입 체인 하단에서\
**PTM & Modification 설정**을 클릭합니다.
* PTM을 설정할 **아미노산을 선택**합니다.
* 제공되는 PTM 옵션 중 원하는 값을 선택합니다.
* 선택 결과를 확인한 후 **확인** 버튼을 클릭합니다.
6. 단백질 이름을 설정합니다.
7. **저장** 버튼을 클릭합니다.
단백질 등록이 완료됩니다.
> 계산이 완료된 후,\
> 등록한 단백질을 활성화해 AI 실험을 수행할 수 있습니다.
