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# 3D 구조 단백질 세부 설정

단백질 구조를 불러왔다면 Receptor, Binding site, Box size의 세부 설정을 완료해 주세요. 

***

## Receptor 설정하기

수용체 결합 부위를 설정하려면 **Receptor** 탭으로 이동한 후, 결합 부위 구성 요소를 선택합니다.

### 1. Chain 설정하기

<figure><img src="https://1649178184-files.gitbook.io/~/files/v0/b/gitbook-x-prod.appspot.com/o/spaces%2Fy5VfWhOSeLc5bLACn0p2%2Fuploads%2FcdRmVOJbjDPnQFqxQI3F%2Fimage.png?alt=media&amp;token=38375a9d-881b-4e9e-b4c2-eb5f00f9e198" alt=""><figcaption></figcaption></figure>

* 결합 부위를 구성하는 하나 이상의 체인(chain)을 선택합니다.
* 모든 체인을 선택하는 것도 가능하지만, 사용 편의성을 위해 결합 부위를 구성하는 체인만 선택하는 것을 권장합니다.
* 리간드(ligand)를 선택한 경우, 왼쪽 3D 뷰어를 사용하여 리간드에 인접한 체인을 선택할 수 있습니다.
* 이 예시에서는 리간드에 인접한 A 체인과 D 체인을 구성 요소로 선택했습니다.

### 2. Cofactor 설정하기

<figure><img src="https://1649178184-files.gitbook.io/~/files/v0/b/gitbook-x-prod.appspot.com/o/spaces%2Fy5VfWhOSeLc5bLACn0p2%2Fuploads%2FWW7tjktaOCKhSTe38uiH%2Fimage.png?alt=media&amp;token=c85e4f84-0cbf-4cbc-96b2-abf6befa89c5" alt=""><figcaption></figcaption></figure>

* Rceptor 탭 영역을 스크롤하면 하단에서 cofactor 정보를 확인할 수 있습니다.
* 결합 부위 근처에 위치하여 약물 결합에 영향을 줄 수 있는 cofactor가 있는 경우, 해당 항목을 선택합니다.
* HyperLab은 리간드와 cofactor를 자동으로 인식하고 선택하지만, 예외적인 경우가 있을 수 있으므로 설정이 올바른지 반드시 확인해주시기 바랍니다.
* 이 예시에서는 `A-MG-201`, `A-GCP-202`, `D-MG-201`, `D-GCP-202` 와 같은 cofactor가 존재하지만, 결합 부위에서 멀리 떨어져 있어 선택되지 않았습니다.

{% hint style="info" %}
cofactor의 결합 정보 세부 사항을 확인하고 싶다면, 각 구성 요소 이름 옆에 있는 `돋보기 아이콘`을 클릭하세요.

다중 체인(multichain) PDB 구조의 경우, 각 단백질 체인에 cofactor가 존재할 수 있습니다.\
사용하려는 cofactor가 선택한 단백질의 결합 부위에 위치해 있는지 반드시 확인해주시기 바랍니다.
{% endhint %}

{% hint style="warning" %}
cofactor 목록에는 ligand도 함께 포함되어 있습니다.\
ligand를 cofactor로 선택할 경우, 잘못된 결과가 발생할 수 있습니다.

따라서 cofactor 목록에서 ligand가 선택되지 않도록 반드시 확인해주시기 바랍니다.
{% endhint %}

### 3. Water molecule 설정하기

<figure><img src="https://1649178184-files.gitbook.io/~/files/v0/b/gitbook-x-prod.appspot.com/o/spaces%2Fy5VfWhOSeLc5bLACn0p2%2Fuploads%2Fu45neAMFOvEGxkZGg5kC%2Fimage.png?alt=media&amp;token=b27e00bb-29fd-4620-9d4a-1eb79526a559" alt=""><figcaption></figcaption></figure>

* Receptor 탭 영역을 스크롤하면 하단에서 water 정보를 확인할 수 있습니다.
* PDB ID를 사용하여 단백질 구조를 불러온 경우, 물 분자(water molecules)가 함께 포함되어 있는 경우가 많습니다.
* 이러한 물 분자의 위치는 중요할 수 있으며, 실제 리간드 상호작용에 큰 영향을 미치는 경우 포함할 수 있습니다.
* 위 예시에서는 물 분자가 표적 단백질과 리간드 간의 상호작용에 영향을 주지 않기 때문에 선택하지 않았습니다.

***

## Binding site 설정하기

이 과정에서는 표적 단백질의 결합 부위를 구성하는 요소들을 선택합니다. 결합 부위 잔기(binding site residues), cofactor, 물 분자(water molecules) 등 단백질-약물 결합에 영향을 줄 수 있는 다양한 요소를 선택할 수 있습니다.

`Binding site 탭`에서 결합 부위의 위치와 크기를 설정할 수 있으며, 설정 방법은 총 세가지가 있습니다.

### 방법1. 단백질 구조에 결합된 ligand를 활용한 설정

<figure><img src="https://1649178184-files.gitbook.io/~/files/v0/b/gitbook-x-prod.appspot.com/o/spaces%2Fy5VfWhOSeLc5bLACn0p2%2Fuploads%2F4sUpbvvkpFhx0OPD5vaa%2Fimage.png?alt=media&amp;token=1086a69a-4c3d-4512-a22e-8a48217ac3f9" alt=""><figcaption></figcaption></figure>

* 불러온 단백질 구조에 결합된 ligand를 선택하여 결합 부위를 설정합니다.
* Ligands 섹션에서 결합 부위로 사용할 ligand를 선택하면, 해당 ligand의 구조와 결합 부위 박스가 자동으로 표시됩니다.
* 예시는 선택한 ligand **`A-R6W-203`**&#xC744; 기준으로 결합 부위를 설정한 방법을 보여줍니다.

### 방법2. Residue를 기준으로 결합 부위 설정

<figure><img src="https://1649178184-files.gitbook.io/~/files/v0/b/gitbook-x-prod.appspot.com/o/spaces%2Fy5VfWhOSeLc5bLACn0p2%2Fuploads%2Fdw0E6flAjGwe2CGJISiW%2Fimage.png?alt=media&amp;token=7537a911-6fde-40b4-a6d3-cbaf9dfcff52" alt=""><figcaption></figcaption></figure>

* 결합 부위를 구성하는 잔기 중 하나를 선택하여 결합 부위 박스를 설정하는 방법입니다.
* 이 방법은 결합 부위를 근사적인 박스 형태로 정의할 때 사용할 수 있습니다.
* **`Select Residues`**&#xB97C; 클릭하면, 각 체인을 구성하는 residue들을 확인할 수 있습니다.
* 결합 부위를 구성하는 residue를 선택하면, 3D 뷰어에서 해당 잔기의 구조와 결합 부위 설정 박스를 확인할 수 있습니다.
* 이때 생성된 박스의 크기가 너무 작아 사용하기 어렵다면, 여러 residue를 선택해 결합 부위를 설정할 수 있습니다.
* `Select multiple`를 클릭하면 두 개 이상의 잔기를 선택해 결합 부위를 구성할 수 있습니다.

{% hint style="warning" %}
잔기 선택을 통해 설정된 결합 부위 박스는 실제 결합 부위를 정확하게 반영하지 않을 수 있습니다.\
필요에 따라 결합 부위 박스의 위치와 크기를 조정하는 방법은 **박스 위치 및 크기 조정** 섹션을 참고해주시기 바랍니다.
{% endhint %}

### 방법3. 결합 부위 ligand 업로드를 통한 결합 부위 설정

<figure><img src="https://1649178184-files.gitbook.io/~/files/v0/b/gitbook-x-prod.appspot.com/o/spaces%2Fy5VfWhOSeLc5bLACn0p2%2Fuploads%2F39iNf0D4thWGFhzHo3EF%2Fimage.png?alt=media&amp;token=4c28c94d-cb76-483e-8518-8a983ad7866f" alt=""><figcaption></figcaption></figure>

* 이 방법은 ligand의 구조 정보를 포함한 파일을 사용하여 결합 부위 박스를 설정하는 방식입니다. 결합 부위에 결합된 ligand의 구조 파일을 보유하고 있는 경우에 사용할 수 있습니다.
* Upload 섹션의 `Ligand Upload`를 선택합니다. 활성화된 `Select a file` 버튼을 클릭하면 파일 선택 창이 열립니다.
* 리간드 위치 파일을 선택한 후 Open을 클릭하면, 단백질 구조와 함께 리간드 구조가 표시되며, 결합 부위 박스도 함께 나타납니다.

{% hint style="info" %}
지원되는 리간드 위치 파일 확장자는 **PDB**, **SDF**, **MOL2**입니다.
{% endhint %}

{% hint style="warning" %}
다음 단계로 진행하기 전에, 리간드가 결합 부위에 정확히 위치해 있는지 반드시 확인해주시기 바랍니다.
{% endhint %}

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## Binding site box 조정

결합 부위 박스를 설정한 후, Box size information 섹션에서 박스의 위치와 크기를 조정할 수 있습니다.

<figure><img src="https://1649178184-files.gitbook.io/~/files/v0/b/gitbook-x-prod.appspot.com/o/spaces%2Fy5VfWhOSeLc5bLACn0p2%2Fuploads%2F6R7KXMrJoLzDJJfrWAUu%2Fimage.png?alt=media&amp;token=6fff29df-d42a-4404-b251-56410afdaad1" alt=""><figcaption></figcaption></figure>

* `Center`와 `Box size` 항목을 클릭하여 숫자를 직접 입력할 수 있으며, 각 숫자 오른쪽에 있는 위아래 화살표를 클릭하면 1.0 Å 단위로 값을 조정할 수 있습니다.

{% hint style="info" %}
예측하고자 하는 분자의 크기를 고려하여 결합 부위를 결정하는 박스의 크기를 설정하는 것이 좋습니다.\
일반적인 단백질-약물 결합 구조의 경우, 기본 설정 값을 사용하여 결합 부위를 정의하는 것을 권장합니다.
{% endhint %}