> For the complete documentation index, see [llms.txt](https://docs.hits.ai/docs-ko/llms.txt). Markdown versions of documentation pages are available by appending `.md` to page URLs; this page is available as [Markdown](https://docs.hits.ai/docs-ko/project-feature-ko/protein-management/registration/importing-3d-structure-protein.md).

# 3D 구조 단백질 추가

3가지 방법을 통해 3D 구조 단백질 등록이 가능합니다.

### 방법1. PDB ID를 입력하여 단백질 정보를 등록합니다

단백질의 3D 구조가 결정된 경우 (예: X-ray, Cryo-EM, NMR), PDB ID를 입력하여 정보를 불러올 수 있습니다.

{% stepper %}
{% step %}
단백질 등록을 위해 `단백질 추가` 버튼을 클릭해 주세요.

<div align="left"><figure><img src="https://1649178184-files.gitbook.io/~/files/v0/b/gitbook-x-prod.appspot.com/o/spaces%2Fy5VfWhOSeLc5bLACn0p2%2Fuploads%2Fe9TyK8Ah1lf1CMv1XjHl%2Fimage.png?alt=media&amp;token=12d3a41b-dbee-4cef-a38d-dcc4a3c822f3" alt=""><figcaption></figcaption></figure></div>
{% endstep %}

{% step %}
등록 유형이 `3D structure` 인것을 확인해 주세요.

<figure><img src="https://1649178184-files.gitbook.io/~/files/v0/b/gitbook-x-prod.appspot.com/o/spaces%2Fy5VfWhOSeLc5bLACn0p2%2Fuploads%2FSJFOrQ2uhc9V6UxXBFVS%2Fimage.png?alt=media&amp;token=031b985c-6dd2-4f08-af5b-13a5ad5b1058" alt=""><figcaption></figcaption></figure>
{% endstep %}

{% step %}
타입을 `PDB`로 선택 후, PDB ID를 입력해 주세요. PDB ID는 [**RCSB** ](https://www.rcsb.org/)사이트에서 찾을 수 있습니다.

<figure><img src="https://1649178184-files.gitbook.io/~/files/v0/b/gitbook-x-prod.appspot.com/o/spaces%2Fy5VfWhOSeLc5bLACn0p2%2Fuploads%2FeJSotYBtTqfqgF031ysV%2Fimage.png?alt=media&amp;token=df1eab3e-d93f-4bdc-83d7-d6f48a4c5684" alt=""><figcaption></figcaption></figure>
{% endstep %}

{% step %}
찾아보기 버튼을 클릭하면 단백질의 3D 구조뿐만 아니라, 단백질을 구성하는 Chain 및 small molecules에 대한 정보를 확인할 수 있습니다.&#x20;

<figure><img src="https://1649178184-files.gitbook.io/~/files/v0/b/gitbook-x-prod.appspot.com/o/spaces%2Fy5VfWhOSeLc5bLACn0p2%2Fuploads%2Fk3zQlOzOFD78KCpx2JEX%2Fimage.png?alt=media&amp;token=240e9737-db53-4f50-806a-6377f6739bc4" alt=""><figcaption></figcaption></figure>
{% endstep %}
{% endstepper %}

### 방법2. AlphaFold database에서 단백질 정보를 등록합니다

단백질의 3D 구조가 실험적으로 결정되지 않은 경우, 예측된 구조를 대신 사용할 수 있습니다. 이러한 예측 구조는 [**AlphaFold**](https://alphafold.ebi.ac.uk/) 웹페이지에 저장되어 있습니다.

{% stepper %}
{% step %}
단백질 등록을 위해 `단백질 추가` 버튼을 클릭해 주세요.

<div align="left"><figure><img src="https://1649178184-files.gitbook.io/~/files/v0/b/gitbook-x-prod.appspot.com/o/spaces%2Fy5VfWhOSeLc5bLACn0p2%2Fuploads%2FO08qBtqvc02B1JQH26wo%2Fimage.png?alt=media&amp;token=c0c8fbce-4719-460b-adeb-ecf61eb0683d" alt=""><figcaption></figcaption></figure></div>
{% endstep %}

{% step %}
등록 유형이 `3D structure` 인것을 확인해 주세요.

<figure><img src="https://1649178184-files.gitbook.io/~/files/v0/b/gitbook-x-prod.appspot.com/o/spaces%2Fy5VfWhOSeLc5bLACn0p2%2Fuploads%2FcEbxhnBSRJBElQXmazNm%2Fimage.png?alt=media&amp;token=ec7a1405-1a7d-4c3f-be7b-ee0e16c06eae" alt=""><figcaption></figcaption></figure>
{% endstep %}

{% step %}
타입을 `AlphaFold`로 선택 후, UniProt ID를 입력해 주세요. UniProt ID는 [UniProt](https://alphafold.ebi.ac.uk/)[ ](https://www.rcsb.org/)사이트에서 찾을 수 있습니다.

<figure><img src="https://1649178184-files.gitbook.io/~/files/v0/b/gitbook-x-prod.appspot.com/o/spaces%2Fy5VfWhOSeLc5bLACn0p2%2Fuploads%2FoFob4ikiMCeQQYNCCJ9v%2Fimage.png?alt=media&amp;token=901ec37d-c3f7-4e69-9db8-6db4e6662b73" alt=""><figcaption></figcaption></figure>
{% endstep %}

{% step %}
찾아보기 버튼을 클릭하면 단백질의 3D 구조뿐만 아니라, 단백질을 구성하는 Chain 및 small molecules에 대한 정보를 확인할 수 있습니다.&#x20;

<figure><img src="https://1649178184-files.gitbook.io/~/files/v0/b/gitbook-x-prod.appspot.com/o/spaces%2Fy5VfWhOSeLc5bLACn0p2%2Fuploads%2Fj7QwsqSfxrY6zOouCCk4%2Fimage.png?alt=media&amp;token=7efbd6b9-c78c-4e49-97fe-c4712a6af6a6" alt=""><figcaption></figcaption></figure>
{% endstep %}
{% endstepper %}

{% hint style="warning" %}
**AlphaFold** 구조는 약물이 결합된 단백질의 구조(conformation)를 반영하지 않기 때문에, 약물의 구조적 세부 정보나 결합 부위(binding site)에 대한 정보를 제공하지 않습니다.\
따라서 **AlphaFold** 구조를 사용할 경우, 사용자가 직접 `binding site`를 수동으로 정의해야 합니다 (determining binding site).\
또한, 약물 결합 시 큰 구조적 변화를 겪는 단백질의 경우, AlphaFold는 약물 결합 구조 예측에 적합하지 않을 수 있습니다.
{% endhint %}

### 방법3. PDB파일을 직접 업로드하여 등록합니다

개인 단백질 구조이거나, 특정 목적을 위해 수정한 구조를 사용하고자 하는 경우, 구조 파일을 직접 업로드할 수 있습니다.

{% stepper %}
{% step %}
단백질 등록을 위해 `단백질 추가` 버튼을 클릭해 주세요.

<div align="left"><figure><img src="https://1649178184-files.gitbook.io/~/files/v0/b/gitbook-x-prod.appspot.com/o/spaces%2Fy5VfWhOSeLc5bLACn0p2%2Fuploads%2FACKED6cJcSKvgNkyg37U%2Fimage.png?alt=media&amp;token=d3fcab31-701c-4f24-bc91-a2c37de6e6d3" alt=""><figcaption></figcaption></figure></div>
{% endstep %}

{% step %}
등록 유형이 `3D structure` 인것을 확인해 주세요.

<figure><img src="https://1649178184-files.gitbook.io/~/files/v0/b/gitbook-x-prod.appspot.com/o/spaces%2Fy5VfWhOSeLc5bLACn0p2%2Fuploads%2FImInTv5jFXWJGCW5MgHq%2Fimage.png?alt=media&amp;token=2fd2cc46-8499-43e5-a891-6dfb5e3a44f0" alt=""><figcaption></figcaption></figure>
{% endstep %}

{% step %}
타입을 Upload로 선택 후, 업로드할 PDB 파일을 기기에서 선택해 주세요.

<figure><img src="https://1649178184-files.gitbook.io/~/files/v0/b/gitbook-x-prod.appspot.com/o/spaces%2Fy5VfWhOSeLc5bLACn0p2%2Fuploads%2FM9vk2VOnw8pXnluqXxPQ%2Fimage.png?alt=media&amp;token=5ce5066a-fc65-4461-80a0-def605772622" alt=""><figcaption></figcaption></figure>
{% endstep %}

{% step %}
파일 업로드가 완료되면 단백질의 3D 구조뿐만 아니라, 단백질을 구성하는 Chain 및 small molecules에 대한 정보를 확인할 수 있습니다.&#x20;

<figure><img src="https://1649178184-files.gitbook.io/~/files/v0/b/gitbook-x-prod.appspot.com/o/spaces%2Fy5VfWhOSeLc5bLACn0p2%2Fuploads%2FOrnrBTzOcnPqKr6YUOTV%2Fimage.png?alt=media&amp;token=3f815b58-a38b-4e4f-ace5-957890f7f0a0" alt=""><figcaption></figcaption></figure>
{% endstep %}
{% endstepper %}

{% hint style="info" %}
**in silico** 점 돌연변이(point mutation) 등으로 생성한 수정된 단백질 구조를 활용해야 하는 경우, 이 방법을 통해 구조 파일을 직접 업로드할 수 있습니다.
{% endhint %}