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# 단백질 구조 불러오기

* 단백질 구조는 세 가지 방법으로 불러올 수 있습니다.

### 방법 1.  PDB ID를 입력하여 불러오기

* 단백질의 3차원 구조가 규명되어 있는 경우 (X-ray, Cryo-EM, NMR 등) PDB ID를 입력하여 정보를 불러올 수 있습니다.

1. **\[ Structure 신규 등록 ]** 아래 **\[ 타입 ]**&#xC5D0;서 **\[** **PDB ]**&#xB97C; 선택합니다.&#x20;

<figure><img src="/files/4mj4hXZxhxLn0jfUEjeK" alt=""><figcaption></figcaption></figure>

2. **\[ ID ]** 란에 PDB ID를 입력합니다. PDB ID는 [RCSB](https://www.rcsb.org/)에서 찾을 수 있습니다.

<figure><img src="/files/MovPQUBTt0vv7AbSArCQ" alt=""><figcaption></figcaption></figure>

3. **\[ 찾아보기 ]** 버튼을 클릭하면 단백질 3차원 구조와 단백질을 구성하는 chain 및 small molecule들의 정보를 확인할 수 있습니다.

<figure><img src="/files/Bu4Ed6RqOH9hQK4WciL9" alt=""><figcaption></figcaption></figure>

<figure><img src="/files/z4v66Z44aOMYJqa71T0B" alt=""><figcaption></figcaption></figure>

### 방법 2. Alphafold 구조 불러오기

* 단백질 3차원 구조가 실험적으로 규명되어 있지 않은 경우 예측 구조를 활용할 수 있습니다.

1. **\[ Structure 신규 등록 ]** 아래 **\[ 타입 ]**&#xC5D0;서 **\[ Alphafold ]**&#xB97C; 선택합니다.

<figure><img src="/files/2GbAJxYYIB8ofQ2HJved" alt=""><figcaption></figcaption></figure>

2. **\[ ID ]** 란에 단백질 UniProt ID를 입력합니다. UniProt ID는 [UniProt](https://www.uniprot.org/)에서 찾을 수 있습니다.

<figure><img src="/files/RmXtaPlv7PLkkaWtAMuL" alt=""><figcaption></figcaption></figure>

3. **\[ 찾아보기 ]**&#xB97C; 클릭하면 UniProt ID에 해당하는 Alphafold 구조를 불러옵니다.

<figure><img src="/files/BBxna88YepNjyOGQdyIE" alt=""><figcaption></figcaption></figure>

<figure><img src="/files/K9Gk800OhXNJbldN3kRU" alt=""><figcaption></figcaption></figure>

{% hint style="warning" %}
Alphafold 구조는 약물이 결합한 단백질 구조가 아니기 때문에 약물의 결합 위치 및 구조 정보를 제공하지 않습니다. 따라서 Alphafold 구조를 사용할 경우 사용자가 직접 결합 위치를 정의해야 합니다. ([결합 부위 정의하기 (1)](/docs-ko/project-feature-ko/protein_structure/binding_site_1.md)).&#x20;

또한 약물 결합에 의한 구조 변화가 큰 단백질의 경우 Alphafold는 약물의 결합 구조를 예측하는데 적합하지 않을 수 있습니다.
{% endhint %}

### 방법 3. PDB 파일 직접 업로드하여 불러오기

* 비공개 단백질 구조나 사용자가 특수한 목적에 따라 변형한 단백질 구조 등의 사용을 원할 경우 구조 파일을 업로드하여 사용할 수 있습니다.

1. **\[ Structure 신규 등록 ]** 아래 **\[ 타입 ]**&#xC5D0;서 **\[ Custom ]**&#xC744; 선택합니다.

<figure><img src="/files/gR4u0lUuo1flzdEpp1St" alt=""><figcaption></figcaption></figure>

2. **\[ 찾아보기 ]** 버튼을 클릭하면 파일 검색창이 열립니다.

<figure><img src="/files/5r0BuCw0Ws2rbxv8tUoR" alt=""><figcaption></figcaption></figure>

3. 사용하고자 하는 PDB 파일을 선택한 후, **\[ 열기 ]** 버튼을 누르면 구조를 불러올 수 있습니다.

<figure><img src="/files/2ouq06sK5MFXie0jgW28" alt=""><figcaption></figcaption></figure>

<figure><img src="/files/GyaKPjL6Q9UeTsT4u2kL" alt=""><figcaption></figcaption></figure>

{% hint style="info" %}
*in silico* point mutation 등 변형한 단백질 구조가 필요한 경우, 해당 방법으로 단백질 구조를   불러올 수 있습니다.
{% endhint %}
