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# Covalent 3D 타입 단백질 등록하기

Covalent 연구를 시작하려면 먼저 **Covalent 타입의 타겟 단백질**을 등록해야 합니다.\
이 가이드에서는 **COV 3D Structure 타입 단백질**을 등록하는 방법을 단계별로 설명합니다.

***

### 1. 단백질 관리 메뉴 진입 <a href="#id-1" id="id-1"></a>

1. 상단 메뉴에서 **단백질 관리**로 이동합니다.<br>

   <figure><img src="/files/Zr1rFEuXhrEagfQO4hu8" alt=""><figcaption></figcaption></figure>
2. **단백질 추가** 버튼을 클릭합니다.
3. 단백질 타입 선택 화면에서 Covalent (3D Structure)를 선택합니다.<br>

   <figure><img src="/files/s6E1kafqfZkcPDTWumF4" alt=""><figcaption></figcaption></figure>
4. **선택 완료** 버튼을 클릭합니다.

이제 COV 3D Structure 단백질 등록 화면으로 이동합니다.

***

### 2. COV 3D Structure 단백질 등록 방법 <a href="#id-2.-cov-3d-structure" id="id-2.-cov-3d-structure"></a>

COV 3D Structure 타입 단백질은 다음 **3가지 방법** 중 하나로 등록할 수 있습니다.<br>

<figure><img src="/files/lap5Iy4lkGpfQvTzvztI" alt=""><figcaption></figcaption></figure>

* **방법 1. PDB ID 입력**
* **방법 2. AlphaFold Database 활용**
* **방법 3. PDB 파일 직접 업로드**

연구 상황에 맞는 방법을 선택해 주세요.

***

### 방법 1. PDB ID를 입력하여 단백질 등록 <a href="#id-1.-pdb-id" id="id-1.-pdb-id"></a>

실험적으로 3D 구조가 결정된 단백질을 사용하는 경우에 적합한 방법입니다.\
(X-ray, Cryo-EM, NMR 등)

#### Step-by-step <a href="#step-by-step" id="step-by-step"></a>

<figure><img src="/files/HFgS9p9q9hf0SbqpFszX" alt=""><figcaption></figcaption></figure>

1. 단백질 추가 버튼을 클릭합니다.
2. 등록 유형이 Covalent 3D Structure인지 확인합니다.
3. 타입을 PDB로 선택합니다.
4. PDB ID를 입력합니다.
   * PDB ID는 RCSB PDB 사이트에서 확인할 수 있습니다.
5. 찾아보기 버튼을 클릭합니다.

#### 구조 정보 확인 <a href="#undefined" id="undefined"></a>

* 단백질의 3D 구조
* 단백질을 구성하는 Chain 정보
* 단백질에 포함된 Small molecules (ligand, cofactor 등)

를 함께 확인할 수 있습니다.

구조 확인 후, Target residue를 설정합니다. 바인딩 사이트는 Target residue를 포함해야 합니다.

> Target residue는 Covalent 결합이 형성될 핵심 잔기로,\
> 이후 Covalent Screening 및 Binding 계산의 기준이 됩니다.

***

### 방법 2. AlphaFold Database를 이용한 단백질 등록 <a href="#id-2.-alphafold-database" id="id-2.-alphafold-database"></a>

실험적으로 구조가 결정되지 않은 단백질의 경우,\
**AlphaFold에서 예측한 구조**를 활용할 수 있습니다.

#### Step-by-step <a href="#step-by-step.1" id="step-by-step.1"></a>

<figure><img src="/files/ERIFNKH6Z0p9mbznUxF1" alt=""><figcaption></figcaption></figure>

1. 단백질 추가 버튼을 클릭합니다.
2. 등록 유형이 Covalent 3D Structure인지 확인합니다.
3. 타입을 AlphaFold로 선택합니다.
4. UniProt ID를 입력합니다.
   * UniProt ID는 UniProt 사이트에서 확인할 수 있습니다.
5. 찾아보기 버튼을 클릭합니다.

#### 구조 정보 확인 <a href="#id-1" id="id-1"></a>

* AlphaFold로 예측된 단백질 3D 구조
* 단백질의 Chain 정보

구조 확인 후, Target residue를 설정합니다. 바인딩 사이트는 Target residue를 포함해야 합니다.

#### AlphaFold 구조 사용 시 주의사항 <a href="#alphafold" id="alphafold"></a>

* AlphaFold 구조는 약물이 결합된 상태의 구조(conformation)를 반영하지 않습니다.
* 약물의 결합 부위(binding site) 정보가 포함되어 있지 않으므로,\
  사용자가 직접 binding site를 정의해야 합니다.

***

### 방법 3. PDB 파일을 직접 업로드하여 단백질 등록 <a href="#id-3.-pdb" id="id-3.-pdb"></a>

개인적으로 생성한 단백질 구조나,\
특정 목적에 맞게 수정한 구조를 사용하는 경우에 적합합니다.

#### Step-by-step <a href="#step-by-step.2" id="step-by-step.2"></a>

<figure><img src="/files/8mOLCzjQDyfFzzxyCssj" alt=""><figcaption></figcaption></figure>

1. 단백질 추가 버튼을 클릭합니다.
2. 등록 유형이 3D Structure인지 확인합니다.
3. 타입을 Upload로 선택합니다.
4. 업로드할 PDB 파일을 기기에서 선택합니다.
5. 파일 업로드가 완료되면 구조 정보를 확인합니다.

#### 구조 정보 확인 <a href="#id-2" id="id-2"></a>

* 업로드한 단백질 3D 구조
* 단백질의 Chain 정보
* 포함된 Small molecules

구조 확인 후, Target residue를 설정합니다. 바인딩 사이트는 Target residue를 포함해야 합니다.

#### 활용 예시 <a href="#undefined" id="undefined"></a>

* in silico 점 돌연변이(point mutation)로 생성한 구조
* 결합 부위를 수정하거나 정제한 단백질 구조
* 내부 연구용으로 관리 중인 커스텀 단백질 구조

이러한 경우, PDB 파일 업로드 방식이 적합합니다.