Covalent 3D 타입 단백질 등록하기

Covalent 연구를 시작하려면 먼저 Covalent 타입의 타겟 단백질을 등록해야 합니다. 이 가이드에서는 COV 3D Structure 타입 단백질을 등록하는 방법을 단계별로 설명합니다.

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1. 단백질 관리 메뉴 진입

1. 상단 메뉴에서 단백질 관리로 이동합니다.

   
2. 단백질 추가 버튼을 클릭합니다.

3. 단백질 타입 선택 화면에서 Covalent (3D Structure)를 선택합니다.

   
4. 선택 완료 버튼을 클릭합니다.

이제 COV 3D Structure 단백질 등록 화면으로 이동합니다.

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2. COV 3D Structure 단백질 등록 방법

COV 3D Structure 타입 단백질은 다음 3가지 방법 중 하나로 등록할 수 있습니다.

• 방법 1. PDB ID 입력

• 방법 2. AlphaFold Database 활용

• 방법 3. PDB 파일 직접 업로드

연구 상황에 맞는 방법을 선택해 주세요.

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방법 1. PDB ID를 입력하여 단백질 등록

실험적으로 3D 구조가 결정된 단백질을 사용하는 경우에 적합한 방법입니다. (X-ray, Cryo-EM, NMR 등)

Step-by-step

1. 단백질 추가 버튼을 클릭합니다.

2. 등록 유형이 Covalent 3D Structure인지 확인합니다.

3. 타입을 PDB로 선택합니다.

4. PDB ID를 입력합니다.

   • PDB ID는 RCSB PDB 사이트에서 확인할 수 있습니다.

5. 찾아보기 버튼을 클릭합니다.

구조 정보 확인

• 단백질의 3D 구조

• 단백질을 구성하는 Chain 정보

• 단백질에 포함된 Small molecules (ligand, cofactor 등)

를 함께 확인할 수 있습니다.

구조 확인 후, Target residue를 설정합니다. 바인딩 사이트는 Target residue를 포함해야 합니다.

Target residue는 Covalent 결합이 형성될 핵심 잔기로, 이후 Covalent Screening 및 Binding 계산의 기준이 됩니다.

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방법 2. AlphaFold Database를 이용한 단백질 등록

실험적으로 구조가 결정되지 않은 단백질의 경우, AlphaFold에서 예측한 구조를 활용할 수 있습니다.

Step-by-step

1. 단백질 추가 버튼을 클릭합니다.

2. 등록 유형이 Covalent 3D Structure인지 확인합니다.

3. 타입을 AlphaFold로 선택합니다.

4. UniProt ID를 입력합니다.

   • UniProt ID는 UniProt 사이트에서 확인할 수 있습니다.

5. 찾아보기 버튼을 클릭합니다.

구조 정보 확인

• AlphaFold로 예측된 단백질 3D 구조

• 단백질의 Chain 정보

구조 확인 후, Target residue를 설정합니다. 바인딩 사이트는 Target residue를 포함해야 합니다.

AlphaFold 구조 사용 시 주의사항

• AlphaFold 구조는 약물이 결합된 상태의 구조(conformation)를 반영하지 않습니다.

• 약물의 결합 부위(binding site) 정보가 포함되어 있지 않으므로, 사용자가 직접 binding site를 정의해야 합니다.

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방법 3. PDB 파일을 직접 업로드하여 단백질 등록

개인적으로 생성한 단백질 구조나, 특정 목적에 맞게 수정한 구조를 사용하는 경우에 적합합니다.

Step-by-step

1. 단백질 추가 버튼을 클릭합니다.

2. 등록 유형이 3D Structure인지 확인합니다.

3. 타입을 Upload로 선택합니다.

4. 업로드할 PDB 파일을 기기에서 선택합니다.

5. 파일 업로드가 완료되면 구조 정보를 확인합니다.

구조 정보 확인

• 업로드한 단백질 3D 구조

• 단백질의 Chain 정보

• 포함된 Small molecules

구조 확인 후, Target residue를 설정합니다. 바인딩 사이트는 Target residue를 포함해야 합니다.

활용 예시

• in silico 점 돌연변이(point mutation)로 생성한 구조

• 결합 부위를 수정하거나 정제한 단백질 구조

• 내부 연구용으로 관리 중인 커스텀 단백질 구조

이러한 경우, PDB 파일 업로드 방식이 적합합니다.