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# 2024-01-13 업데이트 노트

## 하이퍼랩 변경 사항

### 1. 분자 물성 추가

분자 내 제공되는 Physicochemical properties와 ADME/T 결과에 신규 항목이 추가되었습니다.

신규 추가되는 항목들은 업데이트 이후에 추가되거나 계산이 진행된 분자에 대해서 확인할 수 있습니다.

#### **(1) Physicochemical properties**

| **신규 물성**         | **설명**                                                                    |
| ----------------- | ------------------------------------------------------------------------- |
| Lipinski rule     | Lipinski rule 통과 여부입니다. (기준: MW ≤ 500, logP ≤ 5, Hacc ≤ 10, Hdonor ≤5)    |
| Veber’s(GSK) rule | 이 규칙을 만족하는 분자는 상대적으로 좋은 ADMET 프로필을 가질 가능성이 높습니다. (기준: MW ≤ 400, logP ≤ 4) |

#### (2) ADME/T

| **신규 물성**             | **설명**                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            |
| --------------------- | --------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- |
| CYP substrate CYP1A2  | 화합물이 CYP1A2의 기질로 예측될 시 "Yes"로 표시됩니다.                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              |
| CYP substrate CYP2C19 | 화합물이 CYP2C19의 기질로 예측될 시 "Yes"로 표시됩니다.                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             |
| CYP substrate CYP2C9  | 화합물이 CYP2C9의 기질로 예측될 시 "Yes"로 표시됩니다.                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              |
| CYP substrate CYP2D6  | 화합물이 CYP2D6의 기질로 예측될 시 "Yes"로 표시됩니다.                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              |
| CYP substrate CYP3A4  | 화합물이 CYP3A4의 기질로 예측될 시 "Yes"로 표시됩니다.                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              |
| druglikeness          | <p>알려진 약물들의 분포를 기반으로 druglikeness를 예측합니다 <a href="https://pubs.rsc.org/en/content/articlelanding/2022/SC/D1SC05248A">\[<em>Chem. Sci.</em> 13: 554 (2022)]</a>. 100에 가까울수록 druglikeness가 높으며, 대표적인 화합물 데이터베이스에 대한 평균값은 다음과 같습니다.</p><ul><li>FDA 승인 약물들: 74.5</li><li>ChEMBL 분자들: 60.5</li><li><a href="https://pubs.acs.org/doi/10.1021/ci300415d">GDB-17</a> 분자들: 40.5</li></ul> |
| Synthesis complexity  | 구매 가능한 building block들과 잘 정립된 화학 반응들로 화합물을 합성하기까지 필요한 단계의 수를 예측합니다 [\[*J. Chem. Inf. Model.* (2023)\]](https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acs.jcim.3c01134).                                                                                                                                                                                                                        |

### 2. 3D Viewer 개선

3D Viewer의 기능이 일부 업데이트되었습니다.

#### (1) 3D Viewer 기본 보기 방식 개선

<figure><img src="/files/HrUSw0RJLuncfqi8n0zr" alt=""><figcaption></figcaption></figure>

* Protein의 secondary structure의 기본 보기 방법이 전체 protein 구조가 ribbon으로 표현되는 방법으로 바뀌었습니다.
* Protein binding site residue의 색상이 Protein의 secondary structure의 색상과 일치되도록 변경되었습니다.
* Ligand의 기본 보기 방식이 기존 “Ball and Chain”에서 stick으로 변경되었습니다.
* Residue label의 글자 크기가 크게 확대되었습니다.

#### (2) 3D Viewer 내 분자 전환 기능 개선

<figure><img src="/files/A7lFLzXmS5WhxTcMbRec" alt=""><figcaption></figcaption></figure>

Ligand Display의 기존 돋보기 아이콘을 개별로 클릭해서 분자를 전환하던 방식에서 \[다음, 이전] 버튼을 추가하였습니다.

상단의 \[<, >] 버튼을 통해 돋보기 아이콘을 전환할 수 있으며, 방향키(상하좌우)를 통해서도 분자를 전환할 수 있습니다.

### 3. Protein Structure 설정 관련 문의 기능 추가

<figure><img src="/files/rkoAGKpGbIew8SiJKWYI" alt=""><figcaption></figcaption></figure>

Protein Structure 화면에서 Binding Site 설정 또는 단백질 구조 설정에 어려움이 있을 경우, 빠르게 문의할 수 있는 기능을 추가하였습니다.

Protein Structure 추가 중 문의사항이 있을 경우, 아래 이미지 상에 표시된 링크를 클릭하여 빠르게 문의하여 답변을 받을 수 있습니다.

***

## Bug fix

버그 픽스 및 안정성이 개선되었습니다.
