2024-02-22 업데이트 노트

2024년 2월 22일 하이퍼랩의 업데이트 노트입니다.

하이퍼랩 버전 : 2024.02.22

하이퍼랩 변경 사항

1. My bench 전면 개편

기존의 형태에서 ‘필드’를 활용한 데이터 테이블의 형식으로 전면 개편되었습니다.

앞으로는 하이퍼랩에서 제공하는 모든 예측값들이 각각의 필드 형태로 제공됩니다. My bench에서 보고 싶은 필드를 추가하고, 순서를 변경하면서 사용자 맞춤형으로 Molecule list를 활용할 수 있습니다.

(1) 필드 형식의 데이터 제공

하이퍼랩에서 제공하는 모든 데이터 타입은 My bench에서 각각의 개별 필드로 보입니다.

[필드의 노출 제어]

필드의 추가 및 숨김은 테이블 상단의 ‘필드’ 버튼을 클릭하면 오른쪽에서 열리는 화면을 통해 제어할 수 있으며, Molecule list의 페이지에서 기본적으로 노출되는 필드 이외의 다른 데이터들도 필드로 노출 시킬 수 있습니다.

[필드의 순서 변경]

‘필드’ 버튼 클릭 시 오른쪽 화면이 열립니다.
오른쪽 화면에서 필드의 순서를 변경할 수 있습니다. ‘현재 노출 중인 필드’들에 대해서만 순서를 변경할 수 있습니다.
오른쪽 화면을 열지 않고, Molecule list에 노출되어 있는 각 필드들의 상단 영역을 드래그하여 원하는 위치에 끌어다 놓으면 해당 위치로 순서가 변경됩니다.

[필드 데이터 수정]

이름과 태그 등 기존에 수정이 가능하던 데이터들은 수정이 가능하며, 계산 결과 및 기본적인 분자에 대한 정보들은 이전과 동일하게 수정이 불가능합니다.

(2) 필드 내 데이터의 필터와 정렬

Molecule list의 모든 필드는 각각의 데이터에 맞는 필터와 정렬 기능을 제공합니다.

[필터]

Molecule list 테이블 상단의 '필터' 버튼을 클릭하면 열리는 오른쪽 화면에서 설정할 수 있습니다.
필터는 대부분의 데이터 필드에서 제공되며, 일부 필드의 경우 필터 기능이 제공되지 않을 수 있습니다.
- 현재 하이퍼 디자인 필드는 필터링이 제공되지 않습니다.
여러 개의 필터를 동시에 설정할 수 있으며, 여러 개의 필터가 적용될 경우, 적용된 필터들의 모든 조건을 부합하는 분자들만 필터링되어 보입니다.

[정렬]

Molecule list 테이블 상단의 '정렬 버튼을 클릭하면 열리는 오른쪽 화면에서 설정할 수 있습니다.
정렬은 모든 필드에서 제공되며, 오름차순/내림차순으로 정렬할 수 있습니다.
여러 개의 정렬을 동시에 설정할 수 있으며, 여러 개의 정렬이 적용될 경우, 가장 맨 처음으로 적용된 정렬 조건부터 순차적으로 정렬이 적용됩니다.
적용된 정렬 조건들의 순서는 변경할 수 있으며, 정렬 조건들의 순서가 변경될 경우, 변경된 순서대로 가장 맨 처음으로 위치한 정렬 조건부터 순차적으로 정렬이 적용됩니다.
Molecule list의 각 필드의 상단에 있는 '…' 버튼을 클릭했을 때 해당 필드를 오름차순/내림차순으로 정렬도 가능하며, 해당 기능으로 정렬을 설정하였을 경우, 기존에 적용되어 있던 모든 정렬 기준을 삭제되고 설정한 필드에 대한 정렬로만 데이터가 정렬됩니다.

(3) 테이블 보기 방식 추가

기존의 보기 형태와 더불어 테이블을 상위/하위 형태로 그룹으로 묶지 않고 개별 분자로 모두 펼쳐서 볼 수 있는 테이블 보기 방식을 신규로 추가하였습니다.

그룹별 보기 : 기존의 My bench에서 제공하던 테이블 보기 형태로, 하이퍼 디자인 계층도 내에 존재하는 하위 유도체들이 최상위 분자를 기준으로 그룹으로 묶여서 보입니다.
전체 분자 보기 : 하이퍼 디자인 계층도 내에 존재하는 분자들도 계층에 상관없이 모두 동등한 계층의 개별 분자로 볼 수 있는 테이블 보기 형태입니다.

2. 하이퍼 디자인 개선

My bench 개편과 더불어 하이퍼 디자인 부분도 사용성과 일부 UI가 개선되었습니다.

(1) 하이퍼 디자인 계층도 형태 변경

기존의 세로 형태로 위에서 아래로 계층이 확장되던 계층도의 형식을 좌 → 우로 계층이 확장되는 형태로 변경하였습니다.

(2) 하이퍼 디자인 테이블 보기 형식 변경

[테이블 보기 형식 변경]

My bench의 개편과 함께 하이퍼 디자인 내부의 테이블 보기 형식도 My bench 형태와 동일하게 변경되었습니다. My bench와 동일하게 하이퍼 디자인 내부에서도 다양한 필드를 추가하여 원하는 형태로 데이터 테이블을 구성하여 분석할 수 있습니다.

[하이퍼 바인딩, 하이퍼 ADME/T 다중 계산 지원]

기존의 My bench에서만 제공되던 하이퍼 바인딩, 하이퍼 ADME/T 계산을 하이퍼 디자인 테이블 보기 페이지에서도 수행할 수 있도록 개선하였습니다.

(3) 하이퍼 디자인 결과에 ‘기준 분자’ 표시 추가

기존의 하이퍼 디자인 로그를 보는 결과 화면에서 하이퍼 디자인하기 전 형태의 원래 분자의 정보 표시를 추가하여 하이퍼 디자인의 결과를 이전과 더욱 손쉽게 비교할 수 있도록 개선하였습니다.

(4) 하이퍼 디자인 페이지 진입 방식 변경

기존의 분자 체크 후 버튼을 클릭하여 진입하던 하이퍼 디자인의 진입 방식을 더욱 쉽고 간편하게 개선하였습니다. 아래의 방식으로 하이퍼 디자인 페이지에 진입할 수 있습니다.

My bench의 하이퍼 디자인 필드 내 [시작하기 / 이어하기] 버튼 클릭
분자 상세보기의 [하이퍼 디자인] 버튼 클릭
My bench의 하위 유도체를 펼쳐서 표시되는 하이퍼 디자인 [바로가기] 버튼 클릭

3. Protein structure 추가 기능 개선

(1) 단백질 구조 추가 시 Binding site 자동 설정

Protein structure 페이지에서 PDB 구조를 입력하여 단백질 구조를 추가할 때, 하이퍼랩에서 자동으로 해당 단백질 구조에 적합한 Binding site를 설정하여 Binding site를 일일이 설정하지 않도록 개선하였습니다.

*일부 단백질 구조에서는 Binding site가 자동을 설정되지 않을 수 있습니다. 단백질 구조를 추가할 때 Binding site가 올바르게 설정되었는지를 반드시 확인을 부탁드립니다.

(2) 단백질 구조 추가 시 Binding site ligands, Residue 다중 선택 기능 제공

단백질 구조를 추가할 때, Binding site ligands 혹은 Residue를 여러 개를 선택하여 연구를 진행하고 싶은 상황에 대한 다중 선택 기능을 추가하였습니다.

단백질 구조를 입력 후, Binding site 탭에서 ‘단일 선택’이라고 표시되어 있는 메뉴를 클릭하여 ‘다중 선택’으로 변경하면 Binding site ligands와 Residue에 대해서 다중으로 선택할 수 있습니다.

4. 분자 상세보기 페이지 기능 개선

(1) 하이퍼 디자인 버튼 추가

분자 상세보기 페이지에서도 해당분자가 속한 하이퍼 디자인 계층도로 이동할 수 있게 되었습니다.

(2) 유사 분자 탐색 기능 개선

유사 분자 탐색 기능 영역에 ‘총 유사 분자 수’ 정보가 추가되었습니다.

유사 분자 탐색 기능에서는 최대 100개의 분자만 리스트로 제공하며, 유사 분자의 수가 100개를 초과하는 경우, 나머지 분자들은 Pubchem에서 확인할 수 있습니다.

5. 하이퍼 ADME/T 신규 물성 추가

하이퍼 ADME/T 계산 결과에 BBB항목이 신규 추가되었습니다.

6. 3D Viewer 실행 방식 변경

기존의 팝업 형태로 노출되던 3D Viewer를 클릭 시 브라우저의 새탭으로 실행하는 형태로 변경하여 사용성을 개선하였습니다.

7. 랩스페이스 이름 변경 기능 추가

랩스페이스 이름을 수정이 가능하도록 변경하였습니다.

랩스페이스의 이름은 왼쪽 사이드바의 랩스페이스 이름 옆의 ‘연필’ 아이콘을 클릭하여 변경하거나, ‘설정과 멤버’ 메뉴에서 이름을 변경할 수 있습니다.

랩스페이스의 이름은 랩스페이스의 ‘오너’만 변경이 가능합니다.

8. 기타 개선 사항

(1) Experiment 메뉴 삭제

My bench를 개편하면서 실험값도 하나의 필드로 변경이 되면서 기존에 사용하던 Experiment 메뉴를 삭제하였습니다. 실험값은 My bench의 실험값 필드에서 사용이 가능합니다.

Ref.molecule 페이지에서는 기존의 실험값을 그대로 사용할 수 있습니다.

(2) 전체적인 화면의 레이아웃 개선

전체적인 화면의 레이아웃 및 가독성을 개선하여 더욱 편리하게 하이퍼랩을 이용할 수 있도록 개선하였습니다.

Bug fix

버그 픽스 및 안정성이 개선되었습니다.

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