> For the complete documentation index, see [llms.txt](https://docs.hits.ai/hyper-lab-release-note/llms.txt). Markdown versions of documentation pages are available by appending `.md` to page URLs; this page is available as [Markdown](https://docs.hits.ai/hyper-lab-release-note/changelog_ko/2024-03-08.md). # 2024-03-08 업데이트 노트 #### 하이퍼랩 버전 : 2024.03.08 *** ## 하이퍼랩 변경 사항 ### 1. 사용자 필드 추가 My bench의 Molecule list에서 사용자가 직접 필드를 생성하여 데이터를 편집하고 관리할 수 있는 ‘사용자 필드’ 유형을 신규 추가하였습니다. 사용자 필드도 기존에 제공되던 필드들과 동일하게 정렬, 필터, 보기 방식에 대한 설정이 가능합니다. #### **(1) 새로운 필드 만들기**

‘새 필드 만들기’ 버튼

사용자 필드는 Molecule list 상단의 ‘필드’ 버튼을 클릭하여 열리는 오른쪽 화면에서 관리할 수 있습니다. 오른쪽 화면의 하단에 보이는 ‘새로운 필드 만들기’ 버튼을 클릭하여 새로운 사용자 필드를 만들 수 있습니다.

‘새 필드 만들기’

새로운 필드의 이름을 입력하고, 필드의 유형을 선택하면 새로운 필드가 Molecule list에 추가됩니다. * 각 필드의 이름은 중복하여 사용할 수 없습니다. * 필드의 타입은 텍스트, 숫자, 태그만 선택 가능합니다. (추후 제공 유형 확대 예정) #### **(2) 사용자 필드 편집** 사용자는 자신이 만든 필드를 편집하여 관리할 수 있습니다. 필드 편집 화면 진입 방법은 아래와 같습니다. * 방법 1) Molecule list에 추가되어 있는 사용자 필드의 \[더 보기(…)] 버튼을 클릭하여 \[필드 편집]을 클릭할 경우, 필드 편집 화면이 오른쪽에서 열립니다.

[필드 편집 Side Modal] : 방법 1

* 방법 2) Molecule list 상단의 \[필드] 버튼을 클릭하여 열린 오른쪽 화면에서 사용자 필드를 클릭할 경우, 필드 편집 화면으로 전환됩니다.

[필드 편집 Side Modal] : 방법 2-1

[필드 편집 Side Modal] : 방법 2-2 (필드 편집 화면으로 전환)

필드 편집에서는 필드의 이름을 변경하거나, 필드의 유형을 변경하고, 필드를 삭제할 수 있습니다. **\[필드 유형 변경]** 필드의 유형은 기존의 유형에서 전환이 가능한 유형으로만 변경이 가능합니다. * 텍스트 타입의 필드 → 숫자 유형으로만 변경 가능 * 기존 필드에 숫자데이터와 문자형태의 데이터가 섞여있을 경우, 변환이 불가능합니다. * 숫자 타입의 필드 → 텍스트 유형으로만 변경 가능 * 태그 타입의 필드 → 텍스트 유형으로만 변경 가능 **\[필드 삭제]**

[필드 삭제] 버튼

필드 편집 화면 하단에 위치한 \[필드 삭제] 버튼을 통해 필드를 삭제할 수 있습니다. 필드를 삭제할 경우, 해당 필드에 저장되어 있던 모든 데이터는 함께 삭제됩니다. *** ### 2. 3D Viewer 개선 3D Viewer에서 더 다양한 기능을 설정해서 활용할 수 있도록 개선하였습니다. #### (1) 2D Diagram 기능 추가

Dark mode

3D Viewer에서 2D Diagram을 통해 2D 구조에서도 Interaction을 확인할 수 있도록 개선하였습니다. * 각 Interaction은 왼쪽과 오른쪽의 존재하는 설정 패널들의 설정값에 따라서 다르게 보입니다. * 2D Diagram 우측 상단의 Pin 모양 아이콘을 클릭하여 각각의 Interaction Type에 대한 Index를 표시 여부를 제어할 수 있습니다. #### (2) Viewer Setting 기능 개선 3D Viewer의 설정을 세분화하여 더욱 다양한 분석이 가능하도록 개선하였습니다. **\[Binding Pocket Display]** | **항목** | **설명** | | --------------------------------- | ------------------------------------ | | Sidechains | Sidechain을 볼 수 있습니다. | | Surface near Clipping | 구조상 가장 화면에 가까이 있는 원자부터 숨김 처리합니다. | | Surface radius Clipping | 구조상 분자 구조 중심에서 가장 먼 원자부터 3D창에서 숨깁니다. | | Surface Opacity | 단백질의 표면 투명도를 조절합니다. | | Pocket radius | 단백질의 잔기 표시 반경을 조절합니다. | | Residues with ligand interactions | 분자와 상호작용하는 잔기만 볼 수 있습니다. | **\[Interaction Entities]** 3D View와 2D Diagram에서 다음의 Interaction 대단위를 설정할 수 있습니다. * Receptor-Ligand * Ligand-Ligand * Receptor-Receptor * Ligand-Water * Receptor-Water **\[Interaction Types]** 3D View와 2D Diagram에서 확인할 수 있는 Interaction의 종류는 다음과 같습니다. | **항목** | **설명** | | --------------------- | ----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- | | Covalent | Receptor와 Ligand 간 공유 결합이 형성된 경우입니다. | | Clash | 두 원자 간 거리가 그들의 공유 반지름 (covalent radius)의 합 보다 작은 경우입니다. | | Vdw | 두 원자 간 거리가 그들의 반데르발스 반지름 (van der Waals radius)의 합 + 0.1Å 보다 작은 경우입니다. | | Hydrogen bond (hbond) | Hbond donor (D)에 붙은 수소 (H) 와 acceptor (A) 간의 거리가 A의 반데르발스 반지름+ 1.3Å 보다 작고, D-H-A 간의 각도가 90도 보다 큰 경우 입니다. | | Weak hydrogen bond | weak Hbond donor (wD)에 붙은 수소 (H) 와 Hbond acceptor (A) 간의 거리가 A의 반데르발스 반지름+ 1.3Å 보다 작고, wD-H-A 간의 각도가 130도 보다 큰 경우입니다. | | Ionic | positive & negative ionisable한 두 원자 쌍 간의 거리가 4.0Å 보다 작은 경우입니다. | | Metal | Hbond acceptor 와 metal 원자 간의 거리가 2.8Å 보다 작은 경우입니다. | | Hydrophobic | hydrophobic한 두 원자 간의 거리가4.5Å 보다 작은 경우 입니다. | | Cation-Pi | positive ionisable한 원자 (A)와 aromatic ring (AR)의 중심 사이의 거리가 4.5Å 보다 작고, A와 AR을 중심을 잇는 직선과 AR의 수선 간의 각도가 30도 보다 작은 경우입니다. | | Pi-Pi | 두 aromatic ring (AR)의 중심 사이의 거리가 6.0Å 보다 작고, 두 AR 사이의 이면각과 두 AR의 중심을 잇는 직선과 한 AR의 수선 간의 각도가 각각 90도 보다 작은 경우입니다. | **\[Binding Pocket Residues]** | **분류** | **설정 항목** | **설명** | | ---------------- | --------------------------------------------------------------------------------------------------------- | ------------------------------------------------- | | Structure | Type | Stick 형태와 Ball and Stick 형태로 볼 수 있습니다. | | Stick radius | Stick의 굵기를 조절할 수 있습니다. | | | Color Type |

Binidng Pocket Residue에 대한 Color를 선택할 수 있습니다.

단백질의 색상을 종속 받거나, Custom을 통해 직접 색상을 지정할 수 있습니다.

| | | Label | Type | Label에 표시되는 방식을 1 letter와 3 letter의 형태로 볼 수 있습니다. | | Size | Label의 크기를 조절할 수 있습니다. | | | Color | Label에 표시되는 글자의 색을 선택할 수 있습니다. | | | Background | Label의 배경 표시 여부를 선택할 수 있습니다. | | | Background color | Label의 배경 선택 시 보이는 배경 색을 선택할 수 있습니다. | | **\[Protein]** | **설정 항목** | **설명** | | --------- | ------------------------------------------------------------------------------------------------ | | Type |

단백질의 보기 유형을 선택할 수 있습니다.

Surface로 선택할 경우, 단백질 표면의 Type과 Color type, 투명도를 설정할 수 있습니다.

| | Color by |

단백질의 색상을 부여하는 기준을 지정할 수 있습니다.

Custom을 선택할 경우, 직접 색상을 부여할 수 있습니다.

| | Hydrogens | Viewer에 수소를 표시합니다. | | Water | Viewer에 물을 표시합니다. | **\[Ligand]** | **분류** | **설정 항목** | **설명** | | ------------ | -------------------------------- | ----------------------------- | | Structure | Type | Ligand의 보기 유형을 선택할 수 있습니다. | | Stick radius | Stick의 굵기를 조절할 수 있습니다. | | | Surface | Type | Ligand 표면의 보기 유형을 선택할 수 있습니다. | | Color by | Ligand의 색상을 부여하는 기준을 지정할 수 있습니다. | | | Opacity | Ligand 표면의 투명도를 조절할 수 있습니다. | | #### (3) Ligand Display 기능 추가 Viewer의 오른쪽에 위치한 Ligand Display 패널에서 각각의 Conformer들에 대해 색상을 설정할 수 있도록 기능을 추가하였습니다. #### (4) Viewer Screen shot 기능 추가 Viewer의 좌측 상단의 \[Screen shot] 버튼을 클릭하면, Viewer의 현재 시점을 PNG 파일로 제공합니다. 파일은 3D Viewer와 2D Diagram을 각각의 파일로 제공합니다. *** ## Bug fix 버그 픽스 및 안정성이 개선되었습니다.