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# 2024-03-28 업데이트 노트

#### 하이퍼랩 버전 : 2024.03.28

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## 하이퍼랩 변경 사항

### 1. Hyper Binding 업그레이드

Hyper Binding이 다음의 내부 엔진 변화를 통해 성능이 크게 개선되었습니다:

1. 자체 개발한 **Exhaustive Search** 방법을 통해 리간드의 결합구조 탐색.
2. 최신 논문으로 발표된 **PIGNet2** \[[Digital Discovery 3: 287 (2024)](https://doi.org/10.1039/D3DD00149K)]와 동일한 AI로 단백질-리간드 상호작용 예측.

Exhaustive Search는 단백질에 대한 리간드의 결합구조를 짧은 시간에 최대한 철저하게 탐색합니다. 따라서 Exhaustive Search 도입 이전의 Hyper Binding에 비해 구조 탐색 정확도와 속도가 모두 크게 개선되었습니다.

#### \[업그레이드 성능]

아래는 428개 단백질-리간드 복합체 데이터로 구성된 PoseBusters \[[Chem. Sci. 15: 3130 (2024)](https://doi.org/10.1039/D3SC04185A)] 벤치마크로 측정한 Hyper Binding의 구조 탐색 정확도로, 이번 업그레이드로 그 성능이 크게 오른 것을 확인할 수 있습니다.

<figure><img src="/files/tbgxy9MOB5lVpc3VN57o" alt=""><figcaption><p>구조 탐색 성공률 통계. PoseBusters [<a href="https://doi.org/10.1039/D3SC04185A">Chem. Sci. 15: 3130 (2024)</a>] 데이터셋에서 root-mean-squared-deviation &#x3C; 2 Å를 만족하는 분자를 최상위로 찾아낸 비율. 대조 방법들의 성능 출처: RoseTTAFold All-Atom [<a href="https://doi.org/10.1126/science.adl2528">Science (2024</a>)], 그 외 PoseBusters [<a href="https://doi.org/10.1039/D3SC04185A">ibid.</a>].</p></figcaption></figure>

이번 업그레이드로 Hyper Binding의 소요 시간 또한 대폭 감소하게 됩니다.

<figure><img src="/files/W9Sf5ZO6DTIZmlO0moC5" alt=""><figcaption><p>Hyper Binding의 업그레이드에 따른 소요 시간 변화 통계. 테스트 데이터셋: PoseBusters [<a href="https://doi.org/10.1039/D3SC04185A">Chem. Sci. 15: 3130 (2024)</a>].</p></figcaption></figure>

### 2. Project 내 역할 및 권한 추가

프로젝트를 다양한 구성원이 원활하게 관리하기 위하여 프로젝트별 역할이 추가되었습니다.

프로젝트의 역할은 ‘프로젝트 리더’, ‘프로젝트 매니저’, ‘프로젝트 멤버’로 구성이 되어있으며, 각 역할에 따른 권한은 아래와 같이 부여됩니다.

<figure><img src="/files/GY3Ko20kixnS4W5RK5Vy" alt=""><figcaption><p>프로젝트 내 역할별 권한</p></figcaption></figure>

프로젝트의 역할은 아래 페이지에서 부여 및 수정할 수 있습니다.

* **\[프로젝트 만들기]** : 새로운 프로젝트를 만들 때 랩스페이스 멤버를 초대하면서 프로젝트 내 역할을 부여할 수 있습니다.
* **\[Project settings] - \[프로젝트 멤버]** : 아직 프로젝트의 멤버가 아닌 랩스페이스 멤버를 초대하거나, 기존 프로젝트 멤버의 역할을 변경하거나, 프로젝트에서 제외할 수 있습니다.

### 3. Project bench 신규 추가

프로젝트 내 구성원들과 함께 연구를 진행하고 관리할 수 있는 공간인 ‘Project bench’가 신규로 추가되었습니다.

<figure><img src="/files/CRARY7ToMYRnbdJY4os0" alt=""><figcaption><p>Project bench</p></figcaption></figure>

Project bench는 프로젝트 내 구성원이라면 누구나 다 접근이 가능하여 Project bench에서 직접 연구를 진행한 결과를 프로젝트 내 구성원 모두가 바로 확인할 수 있습니다.

Project bench는 My bench와 모든 기능이 동일하게 동작합니다. 하지만, Project bench에서는 프로젝트 내 역할에 따라서 일부 기능이 제한될 수 있습니다. (2번의 ‘프로젝트 내 역할별 권한’ 이미지 참고)

\*참고) My bench와 Projcet bench의 데이터는 서로 공유되지 않습니다.

### 4. My bench ↔︎ Project bench 간 분자 복제 기능 추가

My bench와 Project bench에서 연구한 분자들을 각각의 bench로 복제하여 이동시킬 수 있는 기능이 추가되었습니다.

<figure><img src="/files/W0nIgBMGQ1GyXtzlZd3M" alt=""><figcaption><p>My bench에서 Project bench로 복제하기</p></figcaption></figure>

분자를 선택하며 노출되는 플로팅 메뉴 영역의 \[분자 복제] 기능을 선택하면 선택한 분자들을 복제할 bench를 선택할 수 있습니다. Bench 선택을 완료하면 선택한 bench로 분자가 복제되어 추가됩니다.

분자가 복제될 경우, 사용자 필드의 데이터를 제외한 분자의 데이터만 복제됩니다.

### 5. 하이퍼 디자인 계층도 내 이동 기능 개선

하이퍼 디자인 페이지의 계층도 화면에서 스크롤로만 계층도 내부를 이동할 수 있던 방법을 마우스 드래그를 통해서 자유롭게 이동할 수 있는 방법도 가능하도록 개선하였습니다.

계층도 내 비어있는 영역을 마우스로 드래그하여 계층도 내에서 자유롭게 이동할 수 있습니다.

### 6. 사용자별 시간대 변경(Timezone) 기능 추가

사용자가 위치한 지역에 맞춰 하이퍼랩의 시간을 설정할 수 있는 시간대 변경 기능을 추가하였습니다.

<figure><img src="/files/P3FJvq3yiAKODZFjXQHH" alt=""><figcaption><p>개인정보 페이지 내 ‘시간대 변경’ 항목</p></figcaption></figure>

하이퍼랩 로그인 후 우측 상단의 \[프로필 아이콘]을 클릭 후 \[개인정보] 메뉴를 클릭합니다.

개인정보 페이지 내의 \[시간대 변경] 항목에서 사용자가 속한 지역과 시간대를 선택하여 변경할 수 있습니다.

\*시간대에 대한 변경 사항은 하이퍼랩 전체 시간 관련 데이터에 반영됩니다.

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## Bug fix

버그 픽스 및 안정성이 개선되었습니다.