2024-10-18 업데이트 노트

2024년 10월 18일 하이퍼랩 업데이트 노트입니다.

하이퍼랩 버전 : 2024.10.18

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하이퍼랩 변경 사항

1. 하이퍼 디자인 기능 신규 추가 및 개선

기존 하이퍼 디자인 페이지에서 제공되는 기능이 신규 추가 및 개선되었습니다.

(1) 하이퍼 디자인 결과 변경

하이퍼 디자인에서 디자인 할 fragment를 특정 R-group으로 정의할 수 있습니다. (R group 예시 : Aliphatic chains, Aryl, Heteroaryl 등)

R group definition 선택 화면

하이퍼 디자인 실행 화면에서 “Replace” 또는 “Add”를 선택 후, 하이퍼 디자인 할 fragment를 선택 시 화면 오른쪽 영역에 활성화되는 ‘R group definition’ 영역을 통해서 R group을 정의할 수 있습니다.

기본 옵션은 “R group을 정의하지 않고 디자인을 실행”으로 설정되어있으며, R group 선택시 기본 설정은 자동으로 해제됩니다.

한정할 R group은 2개 이상도 선택이 가능하며, 기본 옵션 유지 또는 1개 이상의 R group을 선택하면 [실행] 버튼이 활성화되며, 하이퍼 디자인을 실행할 수 있습니다.

R group definition에서 제공하는 선택 가능한 항목은 다음과 같습니다.

구분	세부 옵션	선택 항목
기본 옵션		R group을 정의하지 않고 디자인 실행
Acyclic		Aliphatic chain
		Hetero-aliphatic chain
		Halogen derivatives
Cyclic	Non-aromatic	Aliphatic cycle
		Hetero-aliphatic cycle
	Aromatic	Aryl
		Heteroaryl
	Others	Polycyclic

(2) 하이퍼 디자인 결과 화면 개선

하이퍼 디자인 결과화면에서 기분 분자의 정보에 신규 정보들이 추가되었으며, 디자인한 분자들을 편리하게 분석 및 선별할 수 있도록 하는 필터, 정렬 기능이 추가되었습니다.

신규 정보가 추가된 하이퍼 디자인 결과 화면

[하이퍼 디자인 기준 분자 정보 신규 추가]

하이퍼 디자인 기준 분자 정보에서 다음과 같은 정보를 새롭게 확인할 수 있습니다.

항목	설명
디자인 타입	하이퍼 디자인 실행 타입으로 Replace, Add 선택 여부가 표시됩니다.
R group definition	하이퍼 디자인 실행 시 선택한 R group definition 선택 항목이 모두 표시됩니다.
디자인 구조	하이퍼 디자인 실행 시 활성화되어 있던 단백질 구조의 이름이 표시됩니다.

[하이퍼 디자인으로 생성된 분자에 대한 필터/정렬 기능 추가]

하이퍼 디자인 생성 분자에 대한 정렬 기능

하이퍼 디자인 생성 분자에 대한 필터 기능

하이퍼 디자인으로 생성된 분자 50개 중에서 원하는 조건을 충족하는 분자를 더 쉽게 선별하기 위한 필터, 정렬 기능이 새롭게 추가되었습니다.

(3) 하이퍼 디자인 테이블 뷰 개선

하이퍼 디자인 테이블 뷰에서 정보를 더 쉽게 확인하고, 분자를 관리할 수 있도록 개선하였습니다.

[최상위 분자 테이블 상단 고정]

테이블 상단에 고정된 최상위 분자

하이퍼 디자인 계층도 상의 가장 좌측 상단에 위치한 최상위 분자가 테이블 뷰에서는 가장 상단에 고정되어 표시됩니다. 고정된 최상위 분자는 스크롤, 필터, 정렬에 영향을 받지 않고 항상 표시됩니다.

[테이블 내 분자 보기 개수 변경]

테이블 내 분자 보기 개수 선택 메뉴

기존 10/20/50/100개로 제공되던 테이블 뷰의 한 페이지 내 분자 보기 개수를 100/200/500/1,000개씩 확인할 수 있도록 변경하였습니다.

2. Metabolic stability 항목 변경

변경된 Metabolic stability

하이퍼 ADME/T의 Metabolic stability가 Metabolic stability (H/M)으로 변경되어 제공됩니다.

항목	설명
Metabolic stability (H/M)	Human/Mouse liver microsome assay에서 초기 농도 2 μM의 화합물이 30분 내에 50 % 이상 분해 될 것으로 예측될 시 “Unstable”로 표시됩니다.

3. Bench 제공 필드 신규 추가

My bench와 Project bench에서 기본으로 제공되는 필드가 신규 추가되었습니다.

구분	필드 이름	설명
ADME/T 결과	Metabolic stability (H)	Human liver microsome assay에서 초기 농도 2 μM의 화합물이 30분 내에 50 % 이상 분해 될 것으로 예측될 시 “Unstable”로 표시됩니다. “Unstable” means that, when tested in a human liver microsome assay, the compound is likely to degrade by more than 50% within 30 miniutes at a concentration of 2μM.
	Metabolic stability (M)	Mouse liver microsome assay에서 초기 농도 2 μM의 화합물이 30분 내에 50 % 이상 분해 될 것으로 예측될 시 “Unstable”로 표시됩니다. “Unstable” means that, when tested in a mouse liver microsome assay, the compound is likely to degrade by more than 50% within 30 miniutes at a concentration of 2μM.
하이퍼 디자인 결과	디자인 구조	해당 분자의 하이퍼 디자인 과정에서 사용된 활성화된 단백질 구조입니다. 이 구조는 태그 형식으로 제공됩니다.
	R group definition	하이퍼 디자인 실행 시, R groups definition에서 선택한 R 그룹이 태그로 표시됩니다.
하이퍼 스크리닝	스크리닝 라이브러리	하이퍼 스크리닝 시에 사용된 라이브러리 태그 입니다.
	Vendor ID	하이퍼 스크리닝으로 추가된 화합물의 vendor사 카탈로그 ID입니다.
	Vendor name	하이퍼 스크리닝 결과로 도출된 화합물을 구매할 수 있는 vendor사가 태그로 제공됩니다.
	Molport link	Molport에서 하이퍼 스크리닝으로 도출한 화합물을 구매할 수 있습니다. 링크를 통해 바로 접근 가능합니다.
	Enamine link	Enamine에서 하이퍼 스크리닝으로 도출한 화합물을 구매할 수 있습니다. 링크를 통해 바로 접근 가능합니다.

4. 3D Viewer Binding Pocket Display 항목 신규 추가 및 일부 변경

3D Viewer의 Binding Pocket Display 항목에서 선택 가능한 항목이 신규 추가 및 일부 기능이 변경되었습니다.

변경된 Binding Pocket Display 영역

[신규 추가 항목]

항목	설명
Polar hydrogens	Binding pocket의 polar hydrogen들만을 보여주는 기능이 추가되었습니다. 해당 기능 선택시, 모든 hydrogen을 보여주는 “Hydrogens”옵션은 자동으로 선택해제됩니다.

[변경된 기존 항목]

항목	설명
Sidechains → Residues	기존에 제공되던 “Sidechains” 항목의 이름이 변경되었습니다.
Residues with ligand interactions	해당 기능 선택시, “Residues”옵션은 자동으로 선택해제됩니다. (중복선택 불가)
Hydrogens	Protein 영역에서 제공되던 Hydrogens 항목을 Binding Pocket Display 영역으로 변경하였습니다. 해당 기능 선택시, “Polar hydrogens”옵션은 자동으로 선택해제됩니다. (중복선택 불가)

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Bug fix

버그 픽스 및 안정성이 개선되었습니다.