2026년 7월 29일 하이퍼랩 업데이트 노트입니다.
이번 업데이트에서는 Bio Co-Scientist 랩스페이스에 Cyclic Peptide 디자인 기능과 LigandMPNN 모델이 새롭게 추가되었습니다.
이제 고리형 펩타이드의 백본 생성부터 서열 디자인, 구조 예측까지 하나의 워크플로우에서 수행할 수 있습니다. 또한 저분자, 금속 이온, DNA·RNA 등 단백질에 결합한 분자 환경을 고려하여 더욱 정교하게 단백질 서열을 디자인할 수 있습니다.
Cyclic Peptide의 백본 생성부터 서열 및 3차원 구조 예측까지 자동으로 수행할 수 있는 디자인 파이프라인이 추가되었습니다.
RFdiffusion을 이용해 Cyclic Peptide의 백본 구조를 생성합니다.
생성된 백본을 기반으로 ProteinMPNN이 아미노산 서열을 디자인합니다.
선형 FASTA만으로 표현하기 어려운 N-말단과 C-말단 사이의 고리 결합 정보를 반영하여, 디자인된 서열을 Cyclic Peptide SMILES로 자동 변환합니다.
변환된 SMILES를 K-Fold에 입력하여 최종 3차원 구조를 예측합니다.
예측된 .cif 파일에 필요한 메타데이터를 적용하여 3D Viewer에서 Cartoon 형태로 구조를 확인할 수 있습니다.
.cif
별도의 SMILES 입력 지시 없이도 Cyclic Peptide의 연결 정보를 반영한 구조 예측까지 연속적으로 진행할 수 있습니다.
단백질에 결합한 다른 분자의 구조적 환경을 함께 고려하여 단백질 서열을 디자인하는 LigandMPNN 모델이 추가되었습니다.
LigandMPNN은 다음과 같은 결합 파트너 주변의 환경까지 함께 고려합니다.
약물과 같은 저분자 리간드
금속 이온
DNA
RNA
이를 통해 리간드 결합 포켓, 효소 활성 부위, 금속 결합 부위, 단백질–핵산 인터페이스 등에서 결합 파트너와의 상호작용을 고려한 단백질 서열을 디자인할 수 있습니다.
특히 저분자–단백질, DNA–단백질, RNA–단백질 복합체를 대상으로 한 서열 디자인의 정밀도와 활용 범위가 향상되었습니다.
버그 픽스 및 서비스 안정성이 개선되었습니다.
마지막 업데이트 11일 전
