# 업로드 권장 파일 형식

### 1. 시퀀싱 Raw/Processed 데이터

| 포맷    | 확장자                     | 용도                     |
| ----- | ----------------------- | ---------------------- |
| FASTQ | .fastq, .fq, .fastq.gz  | NGS raw reads          |
| FASTA | .fasta, .fa, .fna, .faa | 시퀀스 참조/결과              |
| BAM   | .bam                    | Aligned reads (binary) |
| SAM   | .sam                    | Aligned reads (text)   |
| CRAM  | .cram                   | 압축된 alignment          |
| SRA   | .sra                    | NCBI SRA 아카이브          |

### 2. 변이/유전체 분석

| 포맷      | 확장자               | 용도                     |
| ------- | ----------------- | ---------------------- |
| VCF     | .vcf, .vcf.gz     | Variant calling 결과     |
| BCF     | .bcf              | Binary VCF             |
| BED     | .bed              | Genomic intervals      |
| GFF/GTF | .gff, .gff3, .gtf | 유전자 annotation         |
| BigWig  | .bw, .bigwig      | Coverage/signal tracks |
| Wiggle  | .wig              | Coverage data          |

### 3. 전사체/발현 데이터

| 포맷           | 확장자              | 용도                           |
| ------------ | ---------------- | ---------------------------- |
| Count Matrix | .tsv, .csv, .txt | 발현량 매트릭스                     |
| H5AD         | .h5ad            | Single-cell (AnnData)        |
| MTX          | .mtx             | Sparse matrix (10x Genomics) |
| Loom         | .loom            | Single-cell 데이터              |
| RDS          | .rds             | R Seurat 객체                  |
| CEL          | .cel             | Affymetrix microarray        |

### 4. 단백질체/대사체

| 포맷    | 확장자    | 용도                 |
| ----- | ------ | ------------------ |
| mzML  | .mzml  | Mass spec 표준       |
| mzXML | .mzxml | Mass spec (legacy) |
| MGF   | .mgf   | Peak lists         |
| PDB   | .pdb   | 단백질 구조             |
| mmCIF | .cif   | 단백질 구조 (신규 표준)     |

### 5. 범용/메타데이터

| 포맷   | 확장자               | 용도           |
| ---- | ----------------- | ------------ |
| 테이블  | .csv, .tsv, .xlsx | 샘플 메타데이터, 결과 |
| JSON | .json             | 설정, 파이프라인 정의 |
| YAML | .yaml, .yml       | 설정 파일        |
| PDF  | .pdf              | 리포트          |

### 6. 인덱스/보조 파일

| 포맷          | 확장자  | 용도          |
| ----------- | ---- | ----------- |
| BAM Index   | .bai | BAM 인덱스     |
| FASTA Index | .fai | FASTA 인덱스   |
| Tabix Index | .tbi | VCF/BED 인덱스 |


---

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```
GET https://docs.hits.ai/omicshorizon-user-guide-ko/project/fileformat.md?ask=<question>
```

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The response will contain a direct answer to the question and relevant excerpts and sources from the documentation.

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